目前棉粕是我国仅次于豆粕的一种重要蛋白资源，与豆粕的价格相比，在相同蛋白含量的情况下，棉粕相当于豆粕的60%。于棉粕而言，近几年豆粕以及其他饲料原料价格相对较高，越来越多的饲料企业计划通过棉粕代替部分豆粕，以降低原料成本。
图：棉粕产业链简图
从上图中可以看出，毛棉籽由棉花脱绒得出，其下游产品分为：棉油、棉粕、棉短绒、棉壳四种产品。其中棉油主要用途为食用，在压榨过程中出油率可达9.5%-14%；棉短绒是棉籽剥绒后的产品，主要用于化纤工业当中得绒率10%-12%；棉粕是棉籽饼浸提残油后的产品，作为蛋白原料应用于饲料中，其出粕率42%-51%；棉壳是内陆地区主要用途为制作菌类培养基，种植蘑菇等食用菌类，新疆地区一部分棉壳用于饲喂牛羊，在剥壳中实际得率在24%-30%。
在国家标准GB10378-89中分为三级，三个等级中饲料用棉粕质量指标及分级标准以粗蛋白质、粗纤维、粗灰分为相关指标，参见下表：
从组成元素来看，棉粕富含钙、磷、铁、镁等矿物元素，营养价值远比谷物类饲料高。而且是维生素的良好来源，与豆粕相比，更具有更为丰富的B族维生素。
目前棉粕作为饲料原料的优势主要表现在以下两个方面：一是蛋白含量高，二是价格相对其他饲料原料而言低，但具有一定毒素和高热量。正是由于含有毒素这一局限性的存在，所以其在饲料的用量暂时不多。从近几年的饲料企业的配方来看，棉粕在禽料、反刍料、猪料应用较广。
总而言之，棉粕作为动物饲料中优质蛋白原料，越来越多的饲料企业计划使用棉粕替代适量豆粕作为蛋白饲料。而且，如今棉粕向高蛋白含量发展已经成为棉籽加工行业的一种趋势，从之前蛋白含量以42%为主，逐步向现在46%、50%、60%蛋白含量发展，叠加在农业农村部豆粕减量替代政策的逐渐推进下，棉粕将更广泛高效地为饲料行业所应用。